乔布斯对创意与技术的交融很感兴趣，于是凯建议他一同拜访自己的朋友埃德·卡特穆尔，卡特穆尔当时是乔治·卢卡斯（George Lucas）电影制片厂电脑部门的负责人。
卢卡斯影业电脑部门有两个主要组成部分：一个团队研发硬件和软件来使图像数字化；还有一个电脑动画团队制作动画短片，由颇具天赋的卡通爱好者、导演约翰·拉塞特负责。卢卡斯当时已经完成了他的《星球大战》（Star Wars）三部曲的第一部，正陷入一场争吵不断的离婚案中，他需要卖掉这个电脑部门。卢卡斯叫卡特穆尔尽快找到买家。
1985年秋，在一些潜在买家都踌躇不决时，卡特穆尔和联合创始人阿尔维·雷·史密斯（Alvy Ray Smith）决定自己买下这个部门并寻找投资者。于是，他们打电话找到乔布斯，又安排了一次会面，两人驱车前往乔布斯位于伍德赛德的家中。乔布斯提议自己全资买下卢卡斯影业的电脑部门。卡特穆尔和史密斯拒绝了。他们想要一位主要投资者而不是一个新的所有者。不过很快就有了一个折中办法：乔布斯出资购买多数股权，并担任董事长，但由卡特穆尔和史密斯来运营。
乔布斯提出的条件是，向卢卡斯支付500万美元，然后自己再投入500万美元，从而将这一部门变成独立的公司。这比卢卡斯一直以来所要求的金额低得多，然而时机对乔布斯来说却刚刚好。于是，双方决定通过谈判达成交易。
1986年1月，他们达成了最终协议。协议约定，乔布斯投资1 000万美元后，可持有该公司70%的股份，其他股份分配给埃德·卡特穆尔、阿尔维·雷·史密斯及其他38名创始员工，包括前台接待。该部门最重要的硬件是皮克斯图像电脑（Pixar Images Computer），并且新公司以此命名。
有一段时间，乔布斯没有进行过多干预，让卡特穆尔和史密斯自行掌管皮克斯。每隔一个月左右，他们会进行一次董事会会议，通常是在NeXT的总部，乔布斯总把焦点放在财务和战略上。然而，由于个性使然以及控制本能的驱使，乔布斯很快就变成了强势角色，显然比卡特穆尔和史密斯预想的更为强势。
乔布斯一直都很欣赏硬件和软件整合的优势，皮克斯的图像电脑和渲染软件就是如此。它还制作出色的内容，如动画电影和图像。这三种要素都得益于乔布斯将艺术创意和技术的结合。
皮克斯图像电脑售价12.5万美元，主要购买者是动画师和平面设计师，不过这款电脑也在医疗行业和情报领域找到了特殊市场。
乔布斯要求皮克斯开发一款成本更低的图像电脑，售价在3万美元左右。他坚持由哈特穆特·艾斯林格进行设计，尽管卡特穆尔和史密斯对其收费价格表示反对。最后，这款新电脑跟皮克斯图像电脑很相似，是一个立方体，中间有一处圆形凹陷，但带有艾斯林格招牌式的纤细纹路。
乔布斯想要把皮克斯电脑卖给大众市场，于是他让皮克斯的人员在各大城市开辟销售办事处，办事处的设计由他本人审核通过。但是，皮克斯电脑从未完全进入普通消费者市场。它们售价太高，专门为之编写的软件应用程序也不多。在软件方面，皮克斯有一个渲染程序，名为雷耶斯，意为渲染你所见的一切，用于制作3D图形和图像。
乔布斯担任董事长后，皮克斯开发了一种新语言和界面，名为RenderMan。他们期望这款软件能够成为3D图形渲染领域的标准，就像Adobe公司的PostScript 之于激光打印那样。
乔布斯认为，皮克斯的软件也应该像硬件那样，尝试进入大众市场，而不是仅限于专业市场。他从来都不满足于只针对企业市场或高端专业市场的做法。后来事实证明，普通消费者对于这种能让他们渲染出逼真图像的昂贵软件并无兴趣。RenderMan没有成功进入大众市场。不过，倒是有一家企业渴望将动画师的绘画自动渲染成彩色图像用于电影拍摄。
罗伊表示他想要重振公司历史悠久却日渐衰落的动画部门。他的首轮举措之一就是设法将动画流程计算机化，而皮克斯赢得了迪士尼的这份合同。皮克斯为迪士尼量身定做了一款软硬件套装，名为CAPS，即电脑动画制作系统。1988年，这套设备首次投入使用，负责制作动画片《小美人鱼》（The Little Mermaid）中的最后一幕——国王特里同挥别爱丽儿。在此之后，CAPS就成了迪士尼极为依赖的设备，迪士尼为此又购买了数十台皮克斯图像电脑。
皮克斯的数字动画业务——制作动画短片的团队——最初只是副业，其主要目的是对外展示自己的硬件和软件。
拉塞特是个艺术家，而艺术家在乔布斯眼里不是英雄就是笨蛋，拉塞特在他眼里显然属于英雄那一类。乔布斯对他恭敬有加，真心钦佩他的才华。拉塞特则理智地将乔布斯视作赞助人——能够欣赏艺术工作并且知道如何将其与技术和商业进行融合。
乔布斯和卡特穆尔决定，为了展示皮克斯的硬件和软件，应该让拉塞特再制作一部动画短片，参加1986年的SIGGRAPH（美国计算机协会计算机绘图专业组大会）。拉塞特表示，自己只是在做一部短片，但那位动画师提醒他说，即便几秒钟也能讲述一个故事。拉塞特将这个告诫铭记于心。
《顽皮跳跳灯》（Luxo Jr.）最后的成片只有两分多钟，但是它讲述了一个故事——台灯爸爸和台灯孩子把一个球推来推去，后来球爆了，小台灯很伤心。
展会共有一万人参加，一切都让乔布斯很喜欢。艺术创作激励着他，尤其是当它与科技相融合时。
《顽皮跳跳灯》获得了奥斯卡提名，乔布斯飞去洛杉矶参加颁奖典礼。最终该短片没能获奖，但是乔布斯从此决心每年都制作一部新的动画短片，尽管这个决定并没有太多商业上的理由。随着皮克斯处境的日益艰难，乔布斯坚持残酷地削减预算，毫不手软。
一次董事会会议上，因为新版皮克斯图像电脑的电路板遭遇延期，乔布斯开始训斥史密斯和皮克斯的其他高管。当时，NeXT电脑的电路板也推迟了很久。史密斯指出了这一点：“嘿，你们的NeXT电路板更迟呢，所以别对我们大呼小叫了。”乔布斯顿时大发雷霆。
史密斯最终辞了职，成立了一家新公司，制作数字绘图和图像编辑软件。乔布斯拒绝史密斯使用他在皮克斯时编写的代码，这又进一步加深了彼此的敌意。最后，结果还算不错，微软收购了史密斯的新公司。自己成立的公司，一家卖给乔布斯，另一家卖给盖茨，这样的人也只有史密斯了吧。
即便在境况最好的时候，乔布斯的脾气也很暴躁。而当皮克斯的三项努力——硬件、软件和动画内容——都在赔钱时，乔布斯就越发如此了。
他会责骂皮克斯的人，但还是会给他们开支票。已经被苹果驱逐，又被困在NeXT，他不能接受再一次打击了。为了止损，乔布斯下令进行一轮大规模裁员。
在乔布斯提出皮克斯应该在如何处理中央处理器性能以制作3D图像方面给英特尔一些建议时，英特尔工程师接受了皮克斯的建议，乔布斯便回复邮件说，英特尔应该为此支付皮克斯费用。但对方回答说：“关于互相交流有关微处理器的好点子，我们过去没有为此埋单的打算，将来也没有。”
乔布斯的激情误导了自己，Showplace就是一个例证：该软件拥有如此多神奇的功能，但却缺少乔布斯一向要求的简单性。皮克斯无法与Adobe公司竞争，后者做的软件并不像Showplace那样高级，但更简单，也更便宜。
1988年春，资金实在太紧张了，于是乔布斯召集了一次痛苦的会议，宣布全面深度削减开支。会议结束后，拉塞特及其动画团队十分害怕，几乎不敢再向乔布斯要更多的钱来拍摄另一部短片。但最后，他们还是提起了这个话题，乔布斯静静地坐着，满脸疑虑。如果同意这个项目，他就得再从自己腰包里掏出近30万美元。过了一会儿，乔布斯问他们是否已有了故事板。故事是关于拉塞特的心爱之物：经典玩具。它以一个单人乐队玩具小锡兵（Tinny）的视角展开。小锡兵遇见了一个让自己又爱又怕的人类小宝宝，它逃到沙发下后，发现其他玩具也被吓坏了躲在这里。但是，当小宝宝撞到头后哭起来时，小锡兵又爬出来哄他开心。乔布斯表示自己会提供资金。
《钢铁小兵》（Tin Toy）赢得了1988年奥斯卡最佳动画短片奖，这是首部获此殊荣的电脑制作动画短片。
至此，乔布斯已经从自己腰包里掏了近5 000万美元投入皮克斯，占其离开苹果时所拿到钱的一半以上，而NeXT公司当时还在亏钱。1991年，乔布斯强迫皮克斯所有员工放弃期权，作为交换，他会再投入一笔私人资金。
如果自己能了解得更多，就会更早地专注于动画，而不会费心去推动皮克斯的硬件和软件应用。但另一方面，如果乔布斯早就知道硬件和软件都不会赢利，那么他也不会接手皮克斯。
沃尔特·迪士尼公司已经获得了皮克斯计算机动画制作系统的使用授权，并由此成为皮克斯公司计算机的最大用户。于是，卡伦伯格邀请皮克斯团队来讨论合拍电影的事宜。
1991年5月达成的协议是：迪士尼将完全拥有影片及其角色的版权，并控制创作权，可以在任何时候以很少的违约金为代价停掉这部影片，有权利（而无义务）制作皮克斯接下来的两部电影，也有权（不一定跟皮克斯一起）使用该影片的角色制作续集；而皮克斯则获得票房分成的大约12.5%。
为了能和迪士尼平等谈判，皮克斯必须有资金。这就需要一次成功的IPO。
原计划股票发行价格是14美元，以确保可以卖掉。乔布斯坚持定价22美元，这样一来如果发行成功，公司可以获得更多资金。然而事实证明，发行之成功甚至超出了他最大胆的想象，一举超过网景成为当年最大的IPO。开盘半小时，股票价格就飙升至45美元，因为买盘太多，交易不得不延迟进行。接下来，价格继续上升至49美元，并在当天以39美元收盘。
当年早些时候，乔布斯还曾经希望把皮克斯卖掉，收回他投资的5 000万美元。而股票公开发行第一天结束时，他持有的公司80%的股票价值就已经涨到原来的20多倍，达到惊人的12亿美元，相当于1980年苹果上市时他获得收益的5倍。
IPO的成功意味着皮克斯不再需要依靠迪士尼的资助才能完成电影。这正是乔布斯想要的砝码。“因为我们现在可以承担电影一半的成本了，我就可以要求一半的利润，”他说，“但更重要的是，我想要品牌联合。这些电影将既是皮克斯的，也是迪士尼的。”
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