喬布斯對創意與技術的交融很感興趣，於是凱建議他一同拜訪自己的朋友埃德·卡特穆爾，卡特穆爾當時是喬治·盧卡斯（George Lucas）電影製片廠電腦部門的負責人。
盧卡斯影業電腦部門有兩個主要組成部分：一個團隊研發硬件和軟件來使圖像數字化；還有一個電腦動畫團隊製作動畫短片，由頗具天賦的卡通愛好者、導演約翰·拉塞特負責。盧卡斯當時已經完成了他的《星球大戰》（Star Wars）三部曲的第一部，正陷入一場爭吵不斷的離婚案中，他需要賣掉這個電腦部門。盧卡斯叫卡特穆爾儘快找到買家。
1985年秋，在一些潛在買家都躊躇不決時，卡特穆爾和聯合創始人阿爾維·雷·史密斯（Alvy Ray Smith）決定自己買下這個部門並尋找投資者。於是，他們打電話找到喬布斯，又安排了一次會面，兩人驅車前往喬布斯位於伍德賽德的家中。喬布斯提議自己全資買下盧卡斯影業的電腦部門。卡特穆爾和史密斯拒絕了。他們想要一位主要投資者而不是一個新的所有者。不過很快就有了一個折中辦法：喬布斯出資購買多數股權，並擔任董事長，但由卡特穆爾和史密斯來運營。
喬布斯提出的條件是，向盧卡斯支付500萬美元，然後自己再投入500萬美元，從而將這一部門變成獨立的公司。這比盧卡斯一直以來所要求的金額低得多，然而時機對喬布斯來說卻剛剛好。於是，雙方決定通過談判達成交易。
1986年1月，他們達成了最終協議。協議約定，喬布斯投資1 000萬美元後，可持有該公司70%的股份，其他股份分配給埃德·卡特穆爾、阿爾維·雷·史密斯及其他38名創始員工，包括前臺接待。該部門最重要的硬件是皮克斯圖像電腦（Pixar Images Computer），並且新公司以此命名。
有一段時間，喬布斯沒有進行過多幹預，讓卡特穆爾和史密斯自行掌管皮克斯。每隔一個月左右，他們會進行一次董事會會議，通常是在NeXT的總部，喬布斯總把焦點放在財務和戰略上。然而，由於個性使然以及控制本能的驅使，喬布斯很快就變成了強勢角色，顯然比卡特穆爾和史密斯預想的更為強勢。
喬布斯一直都很欣賞硬件和軟件整合的優勢，皮克斯的圖像電腦和渲染軟件就是如此。它還製作出色的內容，如動畫電影和圖像。這三種要素都得益於喬布斯將藝術創意和技術的結合。
皮克斯圖像電腦售價12.5萬美元，主要購買者是動畫師和平面設計師，不過這款電腦也在醫療行業和情報領域找到了特殊市場。
喬布斯要求皮克斯開發一款成本更低的圖像電腦，售價在3萬美元左右。他堅持由哈特穆特·艾斯林格進行設計，儘管卡特穆爾和史密斯對其收費價格表示反對。最後，這款新電腦跟皮克斯圖像電腦很相似，是一個立方體，中間有一處圓形凹陷，但帶有艾斯林格招牌式的纖細紋路。
喬布斯想要把皮克斯電腦賣給大眾市場，於是他讓皮克斯的人員在各大城市開闢銷售辦事處，辦事處的設計由他本人審核通過。但是，皮克斯電腦從未完全進入普通消費者市場。它們售價太高，專門為之編寫的軟件應用程序也不多。在軟件方面，皮克斯有一個渲染程序，名為雷耶斯，意為渲染你所見的一切，用於製作3D圖形和圖像。
喬布斯擔任董事長後，皮克斯開發了一種新語言和界面，名為RenderMan。他們期望這款軟件能夠成為3D圖形渲染領域的標準，就像Adobe公司的PostScript 之於激光打印那樣。
喬布斯認為，皮克斯的軟件也應該像硬件那樣，嘗試進入大眾市場，而不是僅限於專業市場。他從來都不滿足於只針對企業市場或高端專業市場的做法。後來事實證明，普通消費者對於這種能讓他們渲染出逼真圖像的昂貴軟件並無興趣。RenderMan沒有成功進入大眾市場。不過，倒是有一家企業渴望將動畫師的繪畫自動渲染成彩色圖像用於電影拍攝。
羅伊表示他想要重振公司歷史悠久卻日漸衰落的動畫部門。他的首輪舉措之一就是設法將動畫流程計算機化，而皮克斯贏得了迪士尼的這份合同。皮克斯為迪士尼量身定做了一款軟硬件套裝，名為CAPS，即電腦動畫製作系統。1988年，這套設備首次投入使用，負責製作動畫片《小美人魚》（The Little Mermaid）中的最後一幕——國王特裡同揮別愛麗兒。在此之後，CAPS就成了迪士尼極為依賴的設備，迪士尼為此又購買了數十臺皮克斯圖像電腦。
皮克斯的數字動畫業務——製作動畫短片的團隊——最初只是副業，其主要目的是對外展示自己的硬件和軟件。
拉塞特是個藝術家，而藝術家在喬布斯眼裡不是英雄就是笨蛋，拉塞特在他眼裡顯然屬於英雄那一類。喬布斯對他恭敬有加，真心欽佩他的才華。拉塞特則理智地將喬布斯視作贊助人——能夠欣賞藝術工作並且知道如何將其與技術和商業進行融合。
喬布斯和卡特穆爾決定，為了展示皮克斯的硬件和軟件，應該讓拉塞特再製作一部動畫短片，參加1986年的SIGGRAPH（美國計算機協會計算機繪圖專業組大會）。拉塞特表示，自己只是在做一部短片，但那位動畫師提醒他說，即便幾秒鐘也能講述一個故事。拉塞特將這個告誡銘記於心。
《頑皮跳跳燈》（Luxo Jr.）最後的成片只有兩分多鐘，但是它講述了一個故事——檯燈爸爸和檯燈孩子把一個球推來推去，後來球爆了，小檯燈很傷心。
展會共有一萬人參加，一切都讓喬布斯很喜歡。藝術創作激勵著他，尤其是當它與科技相融合時。
《頑皮跳跳燈》獲得了奧斯卡提名，喬布斯飛去洛杉磯參加頒獎典禮。最終該短片沒能獲獎，但是喬布斯從此決心每年都製作一部新的動畫短片，儘管這個決定並沒有太多商業上的理由。隨著皮克斯處境的日益艱難，喬布斯堅持殘酷地削減預算，毫不手軟。
一次董事會會議上，因為新版皮克斯圖像電腦的電路板遭遇延期，喬布斯開始訓斥史密斯和皮克斯的其他高管。當時，NeXT電腦的電路板也推遲了很久。史密斯指出了這一點：“嘿，你們的NeXT電路板更遲呢，所以別對我們大呼小叫了。”喬布斯頓時大發雷霆。
史密斯最終辭了職，成立了一家新公司，製作數字繪圖和圖像編輯軟件。喬布斯拒絕史密斯使用他在皮克斯時編寫的代碼，這又進一步加深了彼此的敵意。最後，結果還算不錯，微軟收購了史密斯的新公司。自己成立的公司，一家賣給喬布斯，另一家賣給蓋茨，這樣的人也只有史密斯了吧。
即便在境況最好的時候，喬布斯的脾氣也很暴躁。而當皮克斯的三項努力——硬件、軟件和動畫內容——都在賠錢時，喬布斯就越發如此了。
他會責罵皮克斯的人，但還是會給他們開支票。已經被蘋果驅逐，又被困在NeXT，他不能接受再一次打擊了。為了止損，喬布斯下令進行一輪大規模裁員。
在喬布斯提出皮克斯應該在如何處理中央處理器性能以製作3D圖像方面給英特爾一些建議時，英特爾工程師接受了皮克斯的建議，喬布斯便回覆郵件說，英特爾應該為此支付皮克斯費用。但對方回答說：“關於互相交流有關微處理器的好點子，我們過去沒有為此埋單的打算，將來也沒有。”
喬布斯的激情誤導了自己，Showplace就是一個例證：該軟件擁有如此多神奇的功能，但卻缺少喬布斯一向要求的簡單性。皮克斯無法與Adobe公司競爭，後者做的軟件並不像Showplace那樣高級，但更簡單，也更便宜。
1988年春，資金實在太緊張了，於是喬布斯召集了一次痛苦的會議，宣佈全面深度削減開支。會議結束後，拉塞特及其動畫團隊十分害怕，幾乎不敢再向喬布斯要更多的錢來拍攝另一部短片。但最後，他們還是提起了這個話題，喬布斯靜靜地坐著，滿臉疑慮。如果同意這個項目，他就得再從自己腰包裡掏出近30萬美元。過了一會兒，喬布斯問他們是否已有了故事板。故事是關於拉塞特的心愛之物：經典玩具。它以一個單人樂隊玩具小錫兵（Tinny）的視角展開。小錫兵遇見了一個讓自己又愛又怕的人類小寶寶，它逃到沙發下後，發現其他玩具也被嚇壞了躲在這裡。但是，當小寶寶撞到頭後哭起來時，小錫兵又爬出來哄他開心。喬布斯表示自己會提供資金。
《鋼鐵小兵》（Tin Toy）贏得了1988年奧斯卡最佳動畫短片獎，這是首部獲此殊榮的電腦製作動畫短片。
至此，喬布斯已經從自己腰包裡掏了近5 000萬美元投入皮克斯，佔其離開蘋果時所拿到錢的一半以上，而NeXT公司當時還在虧錢。1991年，喬布斯強迫皮克斯所有員工放棄期權，作為交換，他會再投入一筆私人資金。
如果自己能瞭解得更多，就會更早地專注於動畫，而不會費心去推動皮克斯的硬件和軟件應用。但另一方面，如果喬布斯早就知道硬件和軟件都不會贏利，那麼他也不會接手皮克斯。
沃爾特·迪士尼公司已經獲得了皮克斯計算機動畫製作系統的使用授權，並由此成為皮克斯公司計算機的最大用戶。於是，卡倫伯格邀請皮克斯團隊來討論合拍電影的事宜。
1991年5月達成的協議是：迪士尼將完全擁有影片及其角色的版權，並控制創作權，可以在任何時候以很少的違約金為代價停掉這部影片，有權利（而無義務）製作皮克斯接下來的兩部電影，也有權（不一定跟皮克斯一起）使用該影片的角色製作續集；而皮克斯則獲得票房分成的大約12.5%。
為了能和迪士尼平等談判，皮克斯必須有資金。這就需要一次成功的IPO。
原計劃股票發行價格是14美元，以確保可以賣掉。喬布斯堅持定價22美元，這樣一來如果發行成功，公司可以獲得更多資金。然而事實證明，發行之成功甚至超出了他最大膽的想象，一舉超過網景成為當年最大的IPO。開盤半小時，股票價格就飆升至45美元，因為買盤太多，交易不得不延遲進行。接下來，價格繼續上升至49美元，並在當天以39美元收盤。
當年早些時候，喬布斯還曾經希望把皮克斯賣掉，收回他投資的5 000萬美元。而股票公開發行第一天結束時，他持有的公司80%的股票價值就已經漲到原來的20多倍，達到驚人的12億美元，相當於1980年蘋果上市時他獲得收益的5倍。
IPO的成功意味著皮克斯不再需要依靠迪士尼的資助才能完成電影。這正是喬布斯想要的砝碼。“因為我們現在可以承擔電影一半的成本了，我就可以要求一半的利潤，”他說，“但更重要的是，我想要品牌聯合。這些電影將既是皮克斯的，也是迪士尼的。”
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